Krokodýlí zoo Protivín se také angažuje na poli ochrany přírody v České republice. Vychází z předpokladu, že ochranářská instituce jako je zoo, by se měla podílet na ochraně živočišných a rostlinných druhů nejen v exotických zemích, ale i ve své vlasti. Provozovatel zoo v roce 2008 se účastní ochrany evropsky chráněné byliny hořečku českého na lokalitě Svatý kříž ve Chvalšinách formou zajištění managnetu sklízení prostřednictvím své zemědělské ekologické farmy.