Krokodýlí farma ve Chvalšinách je v provozu od roku 2000 a vznikla v zázemí zemědělské společnosti provozovatele zoo. Je tak vlastně nejstarší krokodýlí farmou ve východní Evropě. Od počátků farmy se zde soustřeďovali získaní krokodýli, v případě, že se podařilo dovést dospělá zvířata, byly sestavovány chovné skupiny. V roce 2005 se zde poprvé rozmnožili krokodýli kubánští /Crocodylus rhombifer/. A to zvířata v čistokrevné – homozygotní formě, což byl první doložený odchov homozygotních kubánských krokodýlů v Evropě.
Farma nyní slouží jako zázemí k protivínské zoo, jsou zde chovná, odchovná, izolační a karanténní terária, vybudovaná ve dvou objektech od sebe 1 kilometr vzdálených, takže provoz naprosto odpovídá veterinárním předpisům. Celková plocha ubikací pro krokodýly je nyní 800 m2 a další prostory se průběžně budují.